Het stroomgebied van de Lisseweegse vaart bedraagt 2.716 hectare en omvat grosso modo de gronden gelegen in de driehoek begrensd ten oosten door het Boudewijnkanaal, ten westen door de gewestweg Brugge-Blankenberge en ten noorden door de Kustlaan van Blankenberge naar Zeebrugge.

Het stroomgebied omvat delen van het grondgebied van de Stad Brugge (Sint-Pieters, Lissewege en het westelijk gedeelte van Zeebrugge), van de Stad Blankenberge en de Gemeente Zuienkerke.